Quando a Departamento de Segurança Interna inexplicavelmente sela uma cena criminal envolvendo um carro-bomba, Castle e Beckett ficam com dois mistérios nas mãos: quem matou a vítima, um informante do governo? E por qual razão os agentes federais querem tomar conta do caso? A situação se complica quando eles descobrem que a vítima não foi morta pela explosão, mas sim por um míssil de origem militar.