Ash, Goh, Chloe e Dawn estão no outro mundo e estão caçando a Equipe Rocket que pegou seus Pokémon. No entanto, eles aprenderam que os Pokémon estão retornando às suas formas de ovos pré-evoluídos. Pensando que Dialga e Palkia estão envolvidos, eles os procuram com seus colegas alternativos. Eles serão capazes de parar a crise?